Wie beim Präsenzabitur, so ist auch beim Fernabitur die Auswahl der Leistungsfächer von Bedeutung. Eine Einschränkung besteht in staatlichen Bestimmungen; eines der Leistungskursfächer beim Fernabitur muss eine Sprache oder Mathematik oder eine Naturwissenschaft sein.
Abhängig davon, in welchem Bundesland die externe Abiturprüfung abgelegt werden soll, ist Sprache entweder als Fremdsprache definiert oder auch Deutsch zur Erfüllung dieser Einschränkung akzeptiert. Einige Anbieter von Vorbereitungslehrgängen für ein Fernabitur schränken zudem die Auswahl ein, indem sie Fächer mit einem großen Praxisbezug nicht als Leistungsfächer anbieten.
Innerhalb eines Fernstudiums können sie die praktische Ausbildung nicht im ausreichenden Umfang gewähren. Bei der Auswahl der Leistungsfächer ist zu beachten, dass deren Ergebnisse für die Errechnung der Gesamtnote des Fernabiturs ein deutlich höheres Gewicht haben als die weiteren Prüfungsfächer. Aus diesem Grund ist es sinnvoll, Leistungsfächer zu wählen, bei denen zu erwarten ist, in der Prüfung gut abzuschneiden. Ebenfalls ist der Arbeitsaufwand während der Vorbereitung für das Fernabitur für die Leistungsfächer deutlich höher als für die Grundfächer.
Somit ist es sinnvoll, als Leistungsfächer solche zu wählen, an denen ein starkes Interesse besteht. Eine bislang nicht gesprochene Fremdsprache zu wählen ist eine gute Entscheidung, wenn eine Begabung zum Sprachenlernen vorhanden ist und diese Sprache im weiteren Lebensverlauf privat oder beruflich genutzt werden kann. Leistungskurse im Hinblick auf das geplante Studium zu wählen, ist sinnvoll um sich bereits in der Vorbereitungszeit auf das Fernabitur intensiv mit dem Fach zu beschäftigen; da das Fachabitur zur uneingeschränkten Allgemeinen Hochschulreife führt, ist dies aber nicht zwingend notwendig.
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